Tổng quan về Pseudomonas chlororaphis
Pseudomonas chlororaphis là một loại vi khuẩn được sử dụng làm chế phẩm đất trong nông nghiệp và làm vườn. Vi khuẩn này có thể hoạt động như một tác nhân kiểm soát sinh học chống lại một số loại nấm gây bệnh thực vật thông qua việc sản xuất kháng sinh loại phenazine. Dựa trên phân tích 16S rRNA, các loài tương tự đã được xếp vào nhóm cùng loại với vi khuẩn này.
Một nghiên cứu so sánh về gen và gen phát sinh loài vào năm 2020, đã phân tích 494 bộ gen hoàn chỉnh từ toàn bộ chi Pseudomonas, với 43 trong số đó là chủng P. chlororaphis.
Trong nghiên cứu này, loài P. chlororaphis đã được xác định dựa trên tính đơn ngành và tiêu chí Nhận dạng nucleotide trung bình của nó. Loài này nằm trong phức hợp loài P. fluorescens rộng hơn, được xác định bởi.
Số lượng protein và hàm lượng GC của các chủng của loài này lần lượt dao động trong khoảng 5599–6401 (trung bình: 6076) và từ 61,9–64% (trung bình: 62,8%).
Ngoài ra, 43 protein P. chlororaphis chứa 3587 protein lõi (được chia sẻ giữa tất cả các chủng của loài), với 11 protein lõi đặc trưng cho nhóm đó và do đó không có ở tất cả các chủng khác thuộc chi Pseudomonas.
Hai trong số 11 protein cốt lõi dành riêng cho nhóm này là một loại vi khuẩn thuộc họ holin và một loại protein sinh tổng hợp giống mitomycin và chúng có thể mang lại lợi thế cạnh tranh so với các loài xâm chiếm rễ khác.
Nhóm Pseudomonas chlororaphis
Pseudomonas chlororaphis là tên cho chung một phân nhóm trong chi Pseudomonas.
Các thành viên khác của phân nhóm P. chlororaphis là
- Pseudomonas aurantiaca
- Pseudomonas aureofaciens
- Pseudomonas fragi
- Pseudomonas lundensis
- Pseudomonas taetrolens
Chủng giống chuẩn Pseudomonas chlororaphis
Tên khoa học: Pseudomonas chlororaphis subsp. aureofaciens (Kluyver 1956) Peix et al. 2007
Synonymous Name: Pseudomonas aureofaciens
- Other Culture Collection No.: ATCC 13985=CFBP 2133=DSM 6698=LMG 1245=NCIMB 9030=NRRL B-1576
- Shipping as: Glass ampoule (L-dried)
- Type Strain: type
- Biosafety Level:
- Source of Isolation: Maas River clay in kerosene
- Accepted Date: 1957/02/09
- History: IFO 3521 <- NRRL B-1576 <- A.J. Kluyver
Comment:
Type strain of Pseudomonas aureofaciens. Genome Information: PRJDB203 (NCBI BioProject). Genomic DNA is also available: NBRC 3521G.
Điều kiện nuôi cấy
Trình tự ADN đặc trưng
Sequence: 16S rDNA
- Accession No: BBQB00000000:Genome
- Biosample ID: SAMD00018760
- Bioproject ID: PRJDB203
